大小和卓之亂發(fā)生在清乾隆帝時期，乾隆二十二年（1757年），霍集占殺死清軍副都統(tǒng)阿敏道，舉兵自立。次年（1758年），乾隆皇帝發(fā)兵征討大小和卓，在庫車、葉爾羌、和闐等地與大小和卓交戰(zhàn)。乾隆二十四年（1759年），大小和卓兵敗西逃，經(jīng)蔥嶺進入巴達克山（在今阿富汗東北部），被巴達克山首領素勒坦沙擒殺，叛亂遂平。

乾隆二十年（1755年），大清帝國的宿敵準噶爾汗國發(fā)生大規(guī)模天花疫情，導致準噶爾軍隊非戰(zhàn)斗減員嚴重（接近4成的人口死于天花，準噶爾軍隊亦難幸免），

與此同時準噶爾汗國的大汗達瓦齊與準噶爾汗國的實力派兼當世準噶爾第一名將阿睦爾撒納爆發(fā)內(nèi)戰(zhàn)，最終達瓦齊憑借體量優(yōu)勢勉強占得上風，也是精疲力盡。而戰(zhàn)敗的阿睦爾撒納則投降了大清帝國，乾隆熱情地接待了阿睦爾撒納，并破格冊封其親王銜，要知道朝鮮和越南也不過是郡王銜。

面對準噶爾汗國的亂局，乾隆決定對準噶爾汗國發(fā)起致命一擊。當年，在“帶路黨”阿睦爾撒納的協(xié)助下，乾隆征發(fā)4萬清軍，從南北兩個方向對準噶爾汗國展開鉗形攻勢，

在清軍凌厲的攻勢下，達瓦齊只堅持了4個月，清軍順利攻占準噶爾汗國的都城伊犁，并活捉達瓦齊，乾隆在北京的午門舉行了盛大的獻俘禮，乾隆最終實現(xiàn)了自己爺爺（康熙）和父親（雍正）的夙愿，與清軍纏斗了70年的準噶爾汗國滅亡，清軍控制天山以北地區(qū)。

清軍在軍事上的巨大勝利，使得乾隆對新疆的局勢過于樂觀。當時天山以南的廣袤土地是和卓家族統(tǒng)治，他是準噶爾汗國的臣屬，乾隆認為大清滅了準噶爾汗國，那么準噶爾汗國的一切自然由大清帝國接管，

大清帝國對天山以南有主權，而且乾隆認為天山以南的和卓家族連準噶爾人都打不贏，又豈會是大清帝國的對手。于是他做出來一個大清帝國百年國運的決定，也打開了新疆百年亂局的“潘多拉之盒”。

時間還得上溯到康熙年間，當時準噶爾汗國大汗 策妄阿拉布坦，鑒于和卓家族經(jīng)常性反叛準噶爾汗國，持續(xù)的平叛戰(zhàn)爭耗盡了策妄阿拉布坦的好脾氣，于是策妄阿拉布坦干脆一不住二不休，直接率軍攻破喀什噶爾等地，并將和卓家族全部“打包”送到伊犁就近看管，

徹底解決了和卓家族的叛亂問題，此后天山以南也確實消停了好多年。在漫長的囚禁中，和卓家族的“話事人”瑪罕穆特去世，只留下兩個兒子波羅尼都（大和卓）、霍集占（小和卓）。如果沒有意外的話，時間一長，和卓家族也就有徹底淡出歷史的舞臺了。

就在眾人都快把和卓家族忘到犄角旮旯的時候，乾隆二十年，清軍攻入伊犁，在城中發(fā)現(xiàn)了正在坐牢的大小和卓兄弟。清軍將領將這一情況匯報給了乾隆，請示如何處理這對“活寶”，是繼續(xù)關還是干脆殺，還不得一把手拿主意啊。因為清軍4個月就滅了準噶爾汗國，乾隆確實有點飄，

于是他決定放了大小和卓兄弟，讓他們回天山以南去招撫南疆各城。按說乾隆把這兩人從牢房里解救出來，他們怎么滴也得對乾隆感激涕零吧，況且清軍恐怖的戰(zhàn)斗力他們也是見識過的，以前做準噶爾汗國的“小弟”，現(xiàn)在做大清帝國的“小弟”，大小和卓也不吃虧，但凡是個正常人，也得跟著大清帝國混。

不知道大小和卓是被關傻了還是價值觀有問題，他們回到南疆后趁阿睦爾撒納叛亂的時機也拉起來反旗，造了大清帝國的反，并控制了喀什噶爾（喀什、葉爾羌（今莎車）等地，還襲殺了清軍悍將阿敏道，聽到奏報后的乾隆，腸子都悔青了，發(fā)誓一定要宰了大小和卓哥倆。

之后，清軍平定阿睦爾撒納之亂，重歸北疆，并越過天山攻打大小和卓，先后在庫車、葉爾羌、和闐等地與大小和卓叛軍激戰(zhàn)。至乾隆二十四年（1759年），才徹底平定叛亂，實現(xiàn)了對天山南北的全部控制。

但是，此次平叛戰(zhàn)爭，清軍又疏忽了一點，當時乾隆下詔要對大小和卓斬盡殺絕，根除后患，清軍也確實按乾隆的指示辦的，將大小和卓家族殺的殺、抓的抓，但波羅尼都（大和卓）有個小妾，

當時流亡在琿都斯（今阿富汗昆都士），清軍一時沒注意到，而這位小妾恰好又懷了孕，在大小和卓全家處死后，這位小妾生下了一名男嬰，名字叫薩木薩克。薩木薩克在琿都斯一直過著窮困潦倒的生活，他對大清帝國是無比的仇視（這也很正常，要不是大清，他也不至于淪落到要飯的地步）。

薩木薩克后來生了玉素普、張格爾、巴布頂。1820年，張格爾在英國和浩罕國的支持下，入侵南疆，一度占領南疆7年之久，大清帝國花費巨量人力物力才平定叛亂（張格爾之亂）；1830年，玉素普又在南疆作亂，使得大清帝國不得不與浩罕國簽訂第一個不平等條約（玉素普之亂）；1847年，玉素普的7個子侄，再次在南疆作亂（七和卓之亂）；

1857年，巴布頂?shù)膬鹤淤晾锖庇衷谀辖鱽y（倭里罕之亂）。連續(xù)的叛亂，極大的消耗了大清在新疆的軍力，而為了平叛，也使得大清的財政危機越來越困難。

包括后來的阿古柏之亂，阿古柏一開始也是打著和卓家族的幌子，使得新疆唯一一次整體性淪陷，可以說當年乾隆的一個疏忽真真是導致新疆后來的百年亂局，當然誰也沒有上帝視角，只能道一聲嘆息。