大小和卓之亂發(fā)生在清乾隆帝時(shí)期，乾隆二十二年（1757年），霍集占?xì)⑺狼遘姼倍冀y(tǒng)阿敏道，舉兵自立。次年（1758年），乾隆皇帝發(fā)兵征討大小和卓，在庫車、葉爾羌、和闐等地與大小和卓交戰(zhàn)。乾隆二十四年（1759年），大小和卓兵敗西逃，經(jīng)蔥嶺進(jìn)入巴達(dá)克山（在今阿富汗東北部），被巴達(dá)克山首領(lǐng)素勒坦沙擒殺，叛亂遂平。

乾隆二十年（1755年），大清帝國的宿敵準(zhǔn)噶爾汗國發(fā)生大規(guī)模天花疫情，導(dǎo)致準(zhǔn)噶爾軍隊(duì)非戰(zhàn)斗減員嚴(yán)重（接近4成的人口死于天花，準(zhǔn)噶爾軍隊(duì)亦難幸免），

與此同時(shí)準(zhǔn)噶爾汗國的大汗達(dá)瓦齊與準(zhǔn)噶爾汗國的實(shí)力派兼當(dāng)世準(zhǔn)噶爾第一名將阿睦爾撒納爆發(fā)內(nèi)戰(zhàn)，最終達(dá)瓦齊憑借體量優(yōu)勢勉強(qiáng)占得上風(fēng)，也是精疲力盡。而戰(zhàn)敗的阿睦爾撒納則投降了大清帝國，乾隆熱情地接待了阿睦爾撒納，并破格冊封其親王銜，要知道朝鮮和越南也不過是郡王銜。

面對準(zhǔn)噶爾汗國的亂局，乾隆決定對準(zhǔn)噶爾汗國發(fā)起致命一擊。當(dāng)年，在“帶路黨”阿睦爾撒納的協(xié)助下，乾隆征發(fā)4萬清軍，從南北兩個(gè)方向?qū)?zhǔn)噶爾汗國展開鉗形攻勢，

在清軍凌厲的攻勢下，達(dá)瓦齊只堅(jiān)持了4個(gè)月，清軍順利攻占準(zhǔn)噶爾汗國的都城伊犁，并活捉達(dá)瓦齊，乾隆在北京的午門舉行了盛大的獻(xiàn)俘禮，乾隆最終實(shí)現(xiàn)了自己爺爺（康熙）和父親（雍正）的夙愿，與清軍纏斗了70年的準(zhǔn)噶爾汗國滅亡，清軍控制天山以北地區(qū)。

清軍在軍事上的巨大勝利，使得乾隆對新疆的局勢過于樂觀。當(dāng)時(shí)天山以南的廣袤土地是和卓家族統(tǒng)治，他是準(zhǔn)噶爾汗國的臣屬，乾隆認(rèn)為大清滅了準(zhǔn)噶爾汗國，那么準(zhǔn)噶爾汗國的一切自然由大清帝國接管，

大清帝國對天山以南有主權(quán)，而且乾隆認(rèn)為天山以南的和卓家族連準(zhǔn)噶爾人都打不贏，又豈會(huì)是大清帝國的對手。于是他做出來一個(gè)大清帝國百年國運(yùn)的決定，也打開了新疆百年亂局的“潘多拉之盒”。

時(shí)間還得上溯到康熙年間，當(dāng)時(shí)準(zhǔn)噶爾汗國大汗 策妄阿拉布坦，鑒于和卓家族經(jīng)常性反叛準(zhǔn)噶爾汗國，持續(xù)的平叛戰(zhàn)爭耗盡了策妄阿拉布坦的好脾氣，于是策妄阿拉布坦干脆一不住二不休，直接率軍攻破喀什噶爾等地，并將和卓家族全部“打包”送到伊犁就近看管，

徹底解決了和卓家族的叛亂問題，此后天山以南也確實(shí)消停了好多年。在漫長的囚禁中，和卓家族的“話事人”瑪罕穆特去世，只留下兩個(gè)兒子波羅尼都（大和卓）、霍集占（小和卓）。如果沒有意外的話，時(shí)間一長，和卓家族也就有徹底淡出歷史的舞臺了。

就在眾人都快把和卓家族忘到犄角旮旯的時(shí)候，乾隆二十年，清軍攻入伊犁，在城中發(fā)現(xiàn)了正在坐牢的大小和卓兄弟。清軍將領(lǐng)將這一情況匯報(bào)給了乾隆，請示如何處理這對“活寶”，是繼續(xù)關(guān)還是干脆殺，還不得一把手拿主意啊。因?yàn)榍遘?個(gè)月就滅了準(zhǔn)噶爾汗國，乾隆確實(shí)有點(diǎn)飄，

于是他決定放了大小和卓兄弟，讓他們回天山以南去招撫南疆各城。按說乾隆把這兩人從牢房里解救出來，他們怎么滴也得對乾隆感激涕零吧，況且清軍恐怖的戰(zhàn)斗力他們也是見識過的，以前做準(zhǔn)噶爾汗國的“小弟”，現(xiàn)在做大清帝國的“小弟”，大小和卓也不吃虧，但凡是個(gè)正常人，也得跟著大清帝國混。

不知道大小和卓是被關(guān)傻了還是價(jià)值觀有問題，他們回到南疆后趁阿睦爾撒納叛亂的時(shí)機(jī)也拉起來反旗，造了大清帝國的反，并控制了喀什噶爾（喀什、葉爾羌（今莎車）等地，還襲殺了清軍悍將阿敏道，聽到奏報(bào)后的乾隆，腸子都悔青了，發(fā)誓一定要宰了大小和卓哥倆。

之后，清軍平定阿睦爾撒納之亂，重歸北疆，并越過天山攻打大小和卓，先后在庫車、葉爾羌、和闐等地與大小和卓叛軍激戰(zhàn)。至乾隆二十四年（1759年），才徹底平定叛亂，實(shí)現(xiàn)了對天山南北的全部控制。

但是，此次平叛戰(zhàn)爭，清軍又疏忽了一點(diǎn)，當(dāng)時(shí)乾隆下詔要對大小和卓斬盡殺絕，根除后患，清軍也確實(shí)按乾隆的指示辦的，將大小和卓家族殺的殺、抓的抓，但波羅尼都（大和卓）有個(gè)小妾，

當(dāng)時(shí)流亡在琿都斯（今阿富汗昆都士），清軍一時(shí)沒注意到，而這位小妾恰好又懷了孕，在大小和卓全家處死后，這位小妾生下了一名男嬰，名字叫薩木薩克。薩木薩克在琿都斯一直過著窮困潦倒的生活，他對大清帝國是無比的仇視（這也很正常，要不是大清，他也不至于淪落到要飯的地步）。

薩木薩克后來生了玉素普、張格爾、巴布頂。1820年，張格爾在英國和浩罕國的支持下，入侵南疆，一度占領(lǐng)南疆7年之久，大清帝國花費(fèi)巨量人力物力才平定叛亂（張格爾之亂）；1830年，玉素普又在南疆作亂，使得大清帝國不得不與浩罕國簽訂第一個(gè)不平等條約（玉素普之亂）；1847年，玉素普的7個(gè)子侄，再次在南疆作亂（七和卓之亂）；

1857年，巴布頂?shù)膬鹤淤晾锖庇衷谀辖鱽y（倭里罕之亂）。連續(xù)的叛亂，極大的消耗了大清在新疆的軍力，而為了平叛，也使得大清的財(cái)政危機(jī)越來越困難。

包括后來的阿古柏之亂，阿古柏一開始也是打著和卓家族的幌子，使得新疆唯一一次整體性淪陷，可以說當(dāng)年乾隆的一個(gè)疏忽真真是導(dǎo)致新疆后來的百年亂局，當(dāng)然誰也沒有上帝視角，只能道一聲嘆息。